Le Port de Lyon participe activement au développement économique du territoire en particulier grâce aux partenariats que CNR signe avec les collectivités territoriales et les acteurs du transport fluvial.
La charte partenariale signée en 2005 entre CNR, l'Etat, la Métropole de Lyon, le Conseil Régional, Voies Navigables de France et les Villes de Lyon et Saint-Fons confirme l'importance du rôle régional du Port de Lyon pour :
Adapter les services portuaires aux besoins de l'agglomération. En juillet 2018 (COPIL de lancement), le Préfet de région a initié une démarche prospective et collaborative impliquant notamment les signataires de la précédente Charte permettant la mise en place d’un Schéma Directeur avec un plan d’actions à horizon 2030 et une vision stratégique à horizon 2050 autour de cinq grandes orientations.